Bij KWR staat de kwaliteit van het onderzoek voorop. KWR het daarom op prijs als opdrachtgevers en onafhankelijke professionals hun oordeel geven over zijn onderzoeksprogramma en de kwaliteit van het uitgevoerde onderzoek. KWR vraagt onder meer naar hun oordeel in het jaarlijkse klanttevredenheidsonderzoek.
Daarnaast evalueert een commissie van het College van Opdrachtgevers van het bedrijfstakonderzoek BTO tweejaarlijks de prestaties van KWR. Deze commissie werkt volgens een methode die is gebaseerd op de VSNU-systematiek die ook bij universiteiten wordt toegepast.
De wetenschappelijke adviesraad (WAR) van KWR geeft, gevraagd en ongevraagd, advies over het onderzoeksprogramma van het kennisinstituut voor de watercyclus.
Vijfjaarlijks voert een commissie van wetenschappelijke “peers” een zogeheten peer review uit van de wetenschappelijke verrichtingen van KWR.